Il 19 settembre 1939 la Polizia nazista procedette alla deportazione del piccolo gruppo di frati di Niepokalanow presso il campo di concentramento di Amtitz in Germania, dove padre Massimiliano animò i fratelli a trasformare la prigione in una missione di testimonianza. Poterono tutti rientrare liberi a NIepokalanow nel mese di dicembre, e riprender un certo ritmo di attività nonostante le devastazioni subite dai vari reparti.
La nuova autorità amministrativa imposta dal nazismo conosceva assai bene la potenza spirituale cristiana che Niepokalanow rappresentava ed esercitava in Polonia contro ogni forma di ingiustizia e di errore; e conosceva inoltre le ferme intenzioni che animavano i frati cavalieri di Maria Immacolata, perché avevano sentito direttamente dal padre Kolbe questa dichiarazione: "Siamo pronti a dare la vita per i nostri ideali":
La Gestapo però ricorrerà all’inganno per incriminare padre Massimiliano. Arrestato il 17 febbraio 1941 padre Massimiliano fu rinchiuso nel carcere di Paviak dove subì le prime torture dalle guardie naziste; il 28 maggio fu trasferito al campo di concentramento di Oswiecim, tristemente famoso.
La presenza del padre Kolbe nei vari blocchi del campo della morte fu quella del sacerdote cattolico testimone della fede, pronto a dare la vita per gli altri, quella del religioso francescano testimone evangelico di carità e messaggero di pace e di bene per i fratelli, quella del Cavaliere dell’Immacolata che all’amore della madre divina affida tuti gli uomini. Coinvolto nelle stesse sofferenze inflitte a tante vittime innocenti, egli pregava e faceva pregare, sopportava e perdonava, illuminava e fortificava nella fede, assolveva peccatori e infondeva speranza. Era pronto al dono supremo cui aveva aspirato fin dagli anni giovanili dando alla sua carità questa dimensione evangelica:
"Da te ipsum aliis=Amor"; lo compì con estremo slancio di amore quando liberamente si offrì a prendere il posto di un fratello prigioniero condannato insieme ad altri nove, per ingiusta rappresaglia, a morire di fame.
Il 14 agosto 1941, vigilia della festa della Assunzione di Maria SS., la ferocia inumana e anticristiana stroncò la sua esistenza terrena con una iniezione di acido fenico. La Vergine Immacolata, che gli aveva offerto in vita la corona della santità lo attendeva in cielo per offrirgli quella della gloria.